教育創新方案指出，全球化社會下國際競爭已成事實，但台灣高等教育目前多以論文、考試成績等形式決定分數，培養知識重於誘導學生自發性學習。高等教育司司長黃雯玲說：「各國要提升實力，大學就要鬆綁。」她表示，此方案將在示範區（已申請的大學）推動，對內推廣書院教育，強調以實務報告或專題研究取代傳統論文框架、加強數位學習；對外則引進國外分校學院強化國際合作。
「老師對學生的影響力很重要。」高雄醫學大學高醫書院學生陳家豪表示，學生不可能一開始就知道書院是什麼，須由受過書院薰陶的老師，帶領學生思考，「若老師不夠支持全校學生成為書院生，容易引起反彈。」清華大學厚德書院學生吳幸樺表示，大一幾乎還在探索方向，「專題討論會讓新生壓力大很多。」
目前國內大學合辦的學位專班或專業學（課）程共有六校、申請13案，與國外大學至少六所大學合作。其中，通過第一階段審核的有清大與台北醫學大學。
立法院教育及文化委員許智傑在論壇上表示，教育創新方案雖有理想藍圖也已與國外學校合作，仍要顧及現今台灣高等教育環境，「否則將造成過多空白資金流向教育部，卻不見效益。」
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