得到教育部「五年五百億補助，邁向頂尖大學計畫」的12所大學中，只有長庚大學未虧損，其餘各大學皆每年透支，長期赤字恐將嚴重影響學校營運。
如國立臺灣大學在99學年度就赤字近10億，國立成功大學也有5.3億虧損。國立政治大學虧1.55億、國立交通大學虧3.84億、國立中興大學虧損3.06億、國立臺灣科技大學虧1.81億，唯一有營收的長庚大學則賺8.82億。
各大學公開財務決算資料中，校園大宗支出在研究與訓輔，如政大在100學年度，該項目就佔支出的六成以上。此費用包含教學相關研究及硬體增建，以這名義賦予硬體設備更新的合法性。各大學財務報表資訊顯示虧損，學校新建硬體之工程卻未見延期或停止，間接壓縮校方現有財產的維護費。成大學生會會長林忠毅就指出，學生活動中心下雨會漏水，且第二間活動中心年久失修，另成大中正堂室內羽球場設備老舊，學生們希望環境能獲改善。
「連年虧損下，學校仍正常營運未見倒閉，已在『蝕老本』動用校務基金。」政大前學生會會長林威呈表示，政大每年均赤字上億元，校務基金遲早會用罄。他推算，一年虧損1、2億，政大約再八年就會破產。
教育部高教司專門委員朱俊彰表示，學校的經營不可能收支剛好打平，因為有折舊、計劃蓋新大樓，學校會赤字是因為他們將未來預算納入現有帳目報帳。
朱俊彰表示，開源節流須靠學校本身，教育部僅設有節能減碳的評比，並鼓勵產學合作、專利技術轉移、募款等措施。對此臺大、政大、中國文化大學等，多以實行多年的推廣教育班賺取穩定的收入。節流方面，大部分學校選擇從節能著手，省水、省電、省紙張。「如大學學生宿舍安靜寢晚上十二點熄大燈、期考試題以投影片放映減少試卷紙用量等。』
但現有建築、設備另作他用，如學校將社團活動用空間挪來成立推廣教育班等，可能壓縮到學生原本的活動空間。天主教輔仁大學生會會長廖靖霖表示，校方在過渡期應加強對學生的宣導，減少學生產生自身權益被剝奪的憂慮。
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