目前教育部列出的併校程序可由各校申報合併對象，或以「總人數低於1萬人、同縣市有二所以上的國立大學」原則篩選適合學校，於公布後強制執行。
近期已有八所大專院校商討併校，與成功大學商討合併的台南藝術大學100學年度上半年校務評鑑僅通過一項，與經費使用相關的「校務治理與經營」也未過關，引發學生質疑。
成大歷史系學生林志岷認為，南藝大校務評鑑因經費編列不佳、導致校務評鑑「校務治理與經營」項目未過，若與成大合併，他擔心未來學校經費問題。
除評鑑問題，各校系所資源整合辦法也讓師生質疑，清華大學及新竹教育大學今年4月重啟合併議案。竹教大中國語文學系與清大中國文學系、竹教大英語教學系與清大外國語文學系等重複系所，未來運作未達成共識。
清大外文系學生鍾禎認為清大外文系與竹教大英教系成立目的並不同，若只因和「英文」有關就合併，他認為太欠缺考慮。
而南藝大音樂學系、中國音樂學系採七年一貫制度、並搭配學徒制，南藝大音樂系主任林暉鈞認為，整合為一般大學有難度。
屏教大、屏東技院於6日召開合校公聽會，兩校師生雖然普遍支持合併，但針對選課規定、校區劃分等行政細項，兩校並未說明，教育部也無派人出席。
屏教大文化創意產業系學生余一正認為，學校並沒有說出考量內容，「讓學生不太了解他們的理念。」
面對學生質疑，屏教大秘書室秘書王鈞宗回應，具體日程及合併細節還需兩校及教育部安排，目前還在協調中。
針對併校配套措施不周，教育部高等教育司專員曾新元解釋，教育部仍在討論細節，明年2月將發布具體審核指標與學校名單。對於教育部未派人出席公聽會，曾新元則說：「因為公文太晚收到，來不及邀請司長以上的官員前往。」
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